Seitdem 1630 der gotische Hochaltar abgetragen worden war, suchte man nach einer neuen Altarlösung, um die als Gnadenbild verehrte spätgotische Sitzfigur des Hl. Petrus von Erasmus Grasser zu präsentieren. Es sollte jedoch noch hundert Jahre dauern, bis man sich für einen Entwurf von Nikolaus Stuber entschied. Dieser baute 1730-34 auf einem Sockel aus Tegernseer Marmor eine hölzerne Säulenarchitektur, die auf Berninis Hochaltar von St. Peter in Rom rekurriert. Ägid Quirin Asam schuf im Jahr 1732 die vier aus Holz und nicht wie üblicherweise aus Stuck gefertigten Kirchenväter, die den Hl. Petrus flankieren. Wie in St. Peter zu Rom stellen sie zwei abendländische und zwei morgenländische Kirchenlehrer dar (Ambrosius und Augustinus im Westen, Athanasius und Johannes Chrysostomus im Osten).
Neben der Petrusstatue sind vom alten gotischen Hochaltar auch noch fünf Tafelbilder von Jan Polack aus dem Jahr 1517 mit Darstellungen aus dem Leben des heiligen Petrus in der Kirche zu sehen, die sich an den Seitenwänden des Chorraumes befinden. Die restlichen zum Wandelaltar gehörigen Tafeln befinden sich seit 1857 als Leihgabe im Bayerischen Nationalmuseum München, bzw. im Germanischen Nationalmuseum Nürnberg.