Das im Zweiten Weltkrieg zerstörte Fresko der Chorkuppel, 1730 von Stuber gemalt und 1753 von Johann Baptist Zimmermann überarbeitet und signiert, konnte aufgrund von Photographien und einer Entwurfszeichnung Zimmermanns 1985 von Karl Manninger rekonstruiert werden. Es veranschaulicht den Kirchenpatron St. Peter als Schutzpatron der Stadt München und des Weltkreises - verkörpert durch die (vier damals bekannten) Erdteile - sowie als Fürbitter bei der Hl. Dreifaltigkeit.
Die ebenfalls wiederhergestellten Stuckreliefs Zimmermanns in den Zwickeln geben erneut Szenen aus dem Leben des Hl. Petrus wieder.