Im Innenraum wir die Konzeption des Baus als eine Saalkirche mit Abseiten deutlich, deren Höhenwirkung durch einen auffällig hohen Obergaden und die steile Tambourkuppel verstärkt wird.
Die Wände und die tonnengewölbte Decke des gewaltigen Innenraums sind vollkommen in weiß gehalten. Dennoch fehlt es nicht an Pracht. Im Gegenteil: Die aufwendigen Stukkaturen werden durch die weiße Farbe in den Bereich des Immateriellen und Transzendentalen erhoben. Dieser Eindruck wird durch eine ausgeklügelte Beleuchtung gesteigert. Das Licht fällt fast nur von oben ein und betont dadurch die enorme Höhe des Kirchenraumes und verstärkt den Eindruck, die weißen Wände würden sich nach oben fast bis zur Schwerelosigkeit auflösen. Die kolossalen Halbsäulen an den Seitenwänden des Langhauses werden von Kompositkapitellen bekrönt, deren Form sich ähnlich wie die reichen Stuckdekorationen an Wand und Decke an italienischen Vorbildern orientiert. Deutlich wird hier der Unterschied dieser fast vollplastischen, die Architekturgliederung betonenden Ornamentik im Vergleich zur zurückgenommenen Dekoration der hundert Jahre später entstandenen Fassade. Der Stuck des Innenraums wurde 1674 von den Meistern Wolfgang Leutner und Giovanni Niccolo Perti geschaffen. Die großen Putti über den seitlichen Arkadenbögen bedeuten dem Besucher mit ihren Gesten, sich angemessen zu verhalten, d.h. zu schweigen und die nötige Demut zu zeigen.