Die Dreiteilung des Grundrisses ist zwar aus dem venezianischen Palastbau bekannt, neu ist jedoch das integrierende System, in dem die Raumproportionen aufeinander bezogen sind: dabei bildet immer ein Maß des einen den Ausgangspunkt für das des nächsten Raumes.

Darüber hinaus versuchte Palladio auch Grund- und Aufriß der Räume in ein proportionales Verhältnis zu setzen, das nach vollkommener (mathematischer) Harmonie strebt. Die proportionalen Bezüge der Raummaße, wie 6:4:3, entnahm er, wie von Alberti empfohlen, musikalischen Harmonien, die so in der Architektur visualisiert werden sollten.

In dieser rational berechenbaren Ordnung verkörpert die Villa Badoer in idealer Weise die Vorstellungen der Renaissance von klassisch antiker Architektur, wie sie vor Palladio bereits von Giulio da Sangallo, Bramante, Raphael und anderen propagiert wurden.