Ein Zwischenergebnis steht mittlerweile fest: Brunelleschi war bestrebt, die Glieder der Architektur - seien es Arkaden, Unterteilungen der Wand oder Vierungspfeiler - mit Elementen der Säulenordnungen zu gestalten, mit Elementen ein und desselben Aufbausystems. Man kann daran nachvollziehen, wie er das Arbeiten mit den Ordnungen durchdenkt, regularisiert und systematisiert. Das erweist sich in Santo Spirito am deutlichsten in den Seitenschiffen und in den Umgängen der Kreuzarme und ist wieder der genaueren Betrachtung wert:

Die beiden Seiten des Seitenschiffs sind im Aufbau nicht gleich: innen handelt es sich um eine Reihe offener Arkaden, außen um eine Wand, in die Konchen eingelassen sind, die ein mächtiges Rahmenprofil aufweisen und wie eine Aushöhlung der Mauer aussehen - dies eine Anlehnung an antik-römische Architektur.
Außerdem ist das Seitenschiff gewölbt und zwar mit einfachen, wie Segeln geblähten Hängekuppeln. In der Vorbereitung der Wölbung erweist sich nun, ob sich Säule und runder Bogen als universal verwendbares Gliederungsmotiv bewähren.