In der Kollegienkirche bieten die vier Baublöcke auch keine gerichtete Durchfahrt, wie ein Triumphbogen, sondern sie bergen jeweils ein zentrales Raumgefüge in sich: zwei übereinander angeordnete Ovalrotunden, die durch eine runde Lichtöffnung miteinander in Verbindung stehen.

Der liturgische Zweck der unteren Rotunden ist eindeutig, es handelt sich um Kapellen für die vier Patrone der Fakultäten. Festgottesdienste für die jeweiligen Fakultätsheiligen waren wichtiger Bestandteil im liturgischen Jahreslauf der Universität. Vor den Altären ihrer Patrone konnten die Fakultäten für Theologie, Jurisprudenz, Medizin und Philosophie eigene Gottesdienste abhalten. Weniger klar ist die Zweckbestimmung der oberen Räume. Fischer von Erlach bezeichnet sie als Oratorien. Vielleicht haben in diesen Räumen vornehme Gäste und leitende Angehörige der Fakultäten den Gottesdiensten beigewohnt.

Durch ihre liturgische Funktion sind die vier Baublöcke der Kollegienkirche also als Gebäude der vier Fakultäten gekennzeichnet. Auf diese bezieht sich dann wohl auch die triumphale Gestaltung dieser Baukörper.