Ein besonderes Interesse lag bei der Planung des Palastes auf der Anordnung der päpstlichen Repräsentationsräume. Nach dem Treppenaufgang im Nordflügel eröffnete sich im 'piano nobile' eine Raumfolge, wie sie das päpstliche Zeremoniell vorschreibt: eingangs die 'sala regia' für den Empfang von regierenden Monarchen, dann die beiden Räume der 'sala ducale', es folgt das eigentliche Vorzimmer, 'sala dei paramenti' genannt, und schließlich das eigentliche Audienzzimmer, die sogenannte 'sala del 'pappagallo', an die sich dann die Privaträume des Hausherrn im Bereich des älteren Kardinalspalastes anschließen.

Die Räume werden dabei - gemäß ihrer Funktion - in ihrem Ausmaß sukzessive verkleinert. Entscheidend ist neben dieser konsequenten Rhythmisierung, daß die Türöffnungen der Säle nahe der Fensterwand so auf einer Linie liegen, daß sich für den Blick und für das Durchschreiten eine durchgehende Achse ergibt. Der Papst konnte auf dieser Blickachse in seiner Sänfte sitzend und schon von weitem sichtbar in die großen Audienzsäle getragen werden; sein Erscheinen wurde inszeniert in der langen Raumflucht.
Dieses Schema der Raumanordnung ist als 'enfilade' bekannt geworden und hat dann in der Folge im europäischen Schloßbau der frühen Neuzeit die Anordnung der repräsentativen Räume bestimmt.